Renforcer ensemble le diagnostic : voyage à Bouaké, Côte d'Ivoire, en novembre 2024

La République de Côte d'Ivoire est un pays vibrant d'Afrique de l'Ouest aux riches traditions culturelles et aux écosystèmes variés. Malgré sa beauté et sa vitalité, le pays est confronté à des défis majeurs dans son système de santé, notamment en ce qui concerne les maladies infectieuses et la résistance antimicrobienne (RAM). Ces défis sont exacerbés par des dépenses de santé limitées, qui restent parmi les plus faibles au monde. Les maladies infectieuses, le risque de transmission de zoonoses (c'est-à-dire de maladies infectieuses qui peuvent être transmises de l'animal à l'homme) et la charge élevée des infections associées aux soins (IAS) constituent un problème grave pour la santé publique et font de la Côte d'Ivoire un pays prioritaire de la coopération internationale en matière de santé. C'est pourquoi, dans le cadre du projet PAcCI, l’Institut Helmholtz pour One Health (HIOH), un site du Centre Helmholtz pour la recherche sur les infections (HZI), et le Robert Koch-Institut (RKI) travaillent en étroite collaboration avec des institutions locales telles que le Centre Hospitalier et Universitaire de Bouaké (CHUB) et l'Université Alassane Ouattara de Bouaké afin d'améliorer les capacités de diagnostic et de renforcer les infrastructures sanitaires du pays.

La mission a commencé avec le départ de notre équipe de cinq personnes : trois départements du HIOH et un partenaire ivoirien du CHUB, qui avait auparavant effectué un séjour de recherche de plusieurs semaines au HIOH. Après avoir d'abord organisé la logistique pour le transport de plusieurs gros paquets d'équipement de laboratoire à l'aéroport de Berlin, nous sommes arrivés à Abidjan tard dans la soirée. Notre première tâche à l'arrivée a consisté à nous procurer des cartes SIM locales et de l'argent liquide afin d'être prêts pour le voyage vers Bouaké le lendemain.

Le lendemain matin, nous avons été pris en charge par des chauffeurs CHUB et avons commencé notre voyage de quatre heures vers Bouaké. Pendant le trajet, nous avons pu admirer les paysages époustouflants de la Côte d'Ivoire - y compris un arrêt à Yamoussoukro, la capitale politique du pays.

A notre arrivée à Bouaké, nous avons été chaleureusement accueillis par l'équipe locale du CHUB qui nous a aidés à décharger notre matériel. Nous nous sommes ensuite installés dans notre logement, où certains d'entre nous allaient passer deux semaines, d'autres jusqu'à six semaines.

Notre première journée complète à Bouaké a commencé par des réunions avec la direction du CHUB, y compris le directeur général, le chef des services médicaux et la coordinatrice scientifique dans notre projet PAcCI. À cette occasion, nous avons également pu remettre officiellement au CHUB le nouveau système Illumina iSeq - un appareil de pointe pour le séquençage rapide et à haute résolution de l'ADN, qui facilitera considérablement l'identification des agents pathogènes à l'avenir.

L'un des points forts de la journée a été notre visite du laboratoire de diagnostic moléculaire et bactériologique du CHUB. Nous avons rencontré des membres de l'équipe et en avons appris davantage sur leur travail. Le laboratoire moléculaire de pointe, financé par le ministère allemand de la santé et le ministère fédéral de l'éducation et de la recherche, est d'une importance capitale pour la recherche sur les maladies infectieuses et les agents zoonotiques, et permet notamment de tester le virus Monkeypox (Mpox) et la dengue. Il s'agit d'un exemple de collaboration réussie entre le HIOH, le RKI et les institutions locales.

Une fois le laboratoire moléculaire entièrement installé, nous nous sommes concentrés sur le renforcement des capacités locales de diagnostic. Nous avons commencé à effectuer des tests PCR sur différents échantillons, comme les cas suspects de Mpox. Bien qu'ils aient été négatifs, nous avons également testé d'autres agents pathogènes, tels que le HSV-1, le HSV-2 et le VZV, afin d'affiner le diagnostic différentiel et d'améliorer la précision du diagnostic sur le terrain. 

Nous avons ensuite préparé des bibliothèques d'échantillons positifs au HSV et formé l'équipe du laboratoire sur place à la technique de capture par hybridation, une technique d'enrichissement de l'ADN permettant de mieux détecter les agents pathogènes. Le premier séquençage sur la plateforme iSeq 1000 a permis d'obtenir avec succès une séquence génomique complète à partir d'un échantillon positif au virus de l'herpès.Nous avons également testé des contrôles pour l'orthopox et l'anthrax, validé une autre méthode d'analyse (tests RT-qPCR) et contribué à la mise en place d'une salle de sérologie au CHUB, notamment pour les tests ELISA IgG/IgM Dengue destinés à détecter les anticorps contre cet agent pathogène. En outre, des membres du département d'épidémiologie et d'écologie de la résistance aux antimicrobiens du HIOH ont présenté les résultats de leurs recherches et en ont discuté avec des experts locaux - un premier pas vers de futures collaborations qui a encore renforcé le partenariat entre le HIOH et le CHUB.

Bien que le travail en laboratoire ait été notre priorité, nous avons également pris le temps de nous immerger dans la culture locale le week-end : au marché des potiers, où nous avons admiré le savoir-faire des artisans locaux et acheté quelques petits souvenirs, et au célèbre marché aux tissus de Bouaké, réputé pour ses textiles colorés.

La cuisine ivoirienne a également pris une place importante dans notre expérience, avec des plats comme l'attiéké (manioc fermenté), l'alloco (bananes plantains frites) et le poisson ou le poulet fraîchement grillé, que nous avons dégustés dans les maquis.

Alors que nous retournions ensuite au travail de laboratoire, une partie de notre groupe de voyageurs en route pour le parc national de Taï a profité de l'escale à Bouaké pour faire une excursion unique : lors d'une randonnée au nord-ouest de Bouaké, ils ont escaladé une montagne proche qui offrait une vue panoramique époustouflante sur la forêt vierge environnante et sur la diversité de l'avifaune : sur des espèces rares comme le martin-pêcheur, les oiseaux de paradis, et plusieurs calaos - et enfin sur un incroyable coucher de soleil.

Après l'accueil chaleureux de l'équipe ELIPSA/SCienCe par le directeur général du CHUB, la journée a été consacrée à des présentations de projets scientifiques et à des discussions visant à favoriser le partage des connaissances et d'éventuelles collaborations.

Pendant que l'équipe nouvellement arrivée visitait l'hôpital et les laboratoires, nous nous sommes concentrés sur l'obtention des autorisations nécessaires au prélèvement d'échantillons d'eau pour les projets prévus par notre département d'épidémiologie et d'écologie de la résistance aux antimicrobiens (RAM). Pour ce faire, nous nous sommes rendus au service des eaux de la ville de Bouaké. Trois lacs proches, dont un qui avait été précédemment contaminé par des produits chimiques suite à une fuite, ont été choisis pour le prélèvement et l'analyse des échantillons. Ce suivi environnemental et sanitaire est essentiel pour évaluer les risques de contamination et protéger les sources d'eau locales.

Nos derniers jours au laboratoire moléculaire ont été consacrés à une inspection et à un inventaire approfondis du laboratoire mobile du CHUB, afin de s'assurer que tous les équipements sont dans un état optimal pour le prochain atelier de février 2025 en collaboration avec le RKI et l'Institut de microbiologie de l'armée allemande, Munich (IMB).

Pendant ce temps, notre équipe AMR s'est concentrée sur l'exploration d'autres possibilités de coopération dans le domaine de la résistance aux antibiotiques. Nous avons rencontré le directeur des services vétérinaires de Bouaké et avons organisé une formation sur les techniques de laboratoire dans le laboratoire de bactériologie. Notre dernière journée s'est terminée par une séance de feedback. Conclusion : notre volonté commune de renforcer les capacités de diagnostic à Bouaké et de faire progresser la coopération dans le domaine de la résistance aux antibiotiques est sur une voie prometteuse !

Après 20 jours de travail productif, notre mission en Côte d'Ivoire a pris fin. Alors qu'un membre de notre groupe de voyage HIOH est resté trois semaines supplémentaires, nous autres sommes rentrés en Europe, enrichis par notre expérience à Bouaké. Notre mission est - pour cette fois - accomplie. Outre les nombreux nouveaux contacts et les réunions fructueuses, nous nous souviendrons longtemps des découvertes culturelles et des observations fascinantes de la nature que nous avons faites pendant notre voyage.

À bientôt, Côte d'Ivoire !